Seit der Berner Zeit bestanden im sog. Unteraargau die beiden Pfarrkapitel von Aarau-Zofingen und Brugg-Lenzburg. Sie kamen auch im neuen Kanton Aargau jährlich einmal zusammen, um der Regierung Rechenschaft abzulegen über "den Stand der Religion und der Sittlichkeit des Volkes". Zusammen mit diesem Bericht haben die Pfarrer jeweils auch Forderungen und Wünsche an den Staat formuliert. Sehr bald tauchte da die Forderung auf, dass die reformierte Kirche eine eigene, oberste Behörde brauche, eine gesetzlich anerkannte Synode. Es dauerte einige Jahre, bis die Regierung die beiden Kapitel zu einem Generalkapitel zusammenfasste, das im Juni 1821 zum ersten Mal im Grossratssaal in Aarau tagte.

Der Zweck dieser neuen Institution war, "der gesamten reformierten Geistlichkeit des Kantons ein Mittel in die Hand zu geben, ihren Beruf durch gemeinsame Beratung wirksamer erfüllen zu können, ihr Ansehen zu festigen, und die beiden Kapitel, die ihre jährlichen Tagungen beibehielten, einander näher zu bringen. Als Mitglieder gehörten ihm sämtliche ins aargauische Ministerium aufgenommenen Geistlichen an, dazu die drei Regierungsräte, wobei der reformierte Bürgermeister den Vorsitz innehielt".

Die Regierung vermied ganz bewusst den Namen "Synode" für die neue Institution. Sie hatte auch nicht im Sinn, die strenge Staatsaufsicht über die Kirche zu lockern. Und doch begann das Generalkapitel sehr bald damit, dem Staat ganz konkrete Forderungen zu unterbreiten. Als erstes war da die Forderung nach der Beteiligung von Laien an den Sitzungen des Generalkapitels: denn die Verantwortung für die Kirche als Ganze sollte nicht allein Sache der Pfarrer sein, sondern sie sollte nach reformiertem Verständnis von Leuten aus der Gemeinde mitgetragen werden.

Immer wieder hat sich die Unzufriedenheit der Pfarrer mit vom Staat verfügten Einschränkungen im Generalkapitel Luft gemacht. Die nicht erlaubte Reformationsfeier von 1819 oder das Verbot der Benützung des Heidelberger Katechismus im Konfirmandenunterricht, empfand man als ungute Einmischung. Pfarrer Friedrich Jakob Pfleger formulierte auf dem Generalkapitel von 1824 Anklagen gegen die Regierung und dem vom Staat eingesetzten Kirchenrat. Er sagte u.a.: "Wir können nämlich nicht einmal von einer Kirche reden, von einem freien, selbständigen Verein zur Erreichung geistiger und sittlicher Endzwecke. Wir haben nur ein Kirchenwesen, das wie andere Zweige des Staatshaushaltes von oben herab geordnet und geleitet wird. Unsere Kirche steht ganz und völlig unter der Vormundschaft des Staates. Die Kirche als solche kann nichts tun, nichts beschliessen, nichts hindern; ihr fehlt die nötige Freiheit." Die Kirchgemeinden müssten selbständig werden und die reformierte Kirche als Ganze brauche ihrem Wesen entsprechend eine republikanische Verfassung. Diese unverblümte Rede hat eingeschlagen und löste grosse Diskussionen aus. Im Grossen Rat diskutierte man über die "Träumereien um die Selbständigkeit der Protestantischen Kirche" und man sprach von "feindseligen Tendenzen gegen Verfassung und bestehende Gesetze". Doch ganz allmählich haben die zunächst als aufrührerisch empfundenen Gedanken von Pfarrer Pfleger dann doch Früchte getragen.

1852 erhielten auf Antrag des Generalkapitels die Kirchgemeinden das Recht, bei einer Pfarrwahl der Regierung einen Dreiervorschlag einzureichen.

1858 wurden die Gemeinden ermächtigt, Laienmitglieder in das Generalkapitel abzuordnen. Als erstes hat dieses erweiterte Gremium erreicht, dass der Karfreitag zum Hohen Feiertag erklärt worden ist. Bis dahin galt er nur als halber Feiertag, an dem zwar eine Predigt gehalten wurde, nachher aber gearbeitet werden konnte.

1864 bekamen die Kirchgemeinden das Recht, ihren Pfarrer selber zu wählen.

Schon 1822 war auf Antrag von Pfarrer Pfleger die Bildung einer theologischen Bibliothek beschlossen worden, die den Pfarrern eine Weiterbildung möglich machte. Aus den Mitgliederbeiträgen der Pfarrer sollte schliesslich eine umfassende Fachbibliothek entstehen. Die Regierung stiftete für diese Bibliothek einen ersten Beitrag von 400 Franken.

Die Bemühungen des Generalkapitels um mehr Eigenverantwortung der reformierten Kirche fanden bei einem führenden Mitglied des damaligen Regierungsrates, bei Emil Welti, dem späteren Bundesrat, ein offenes Ohr. Welti war als Reformierter in der toleranten Luft seines Heimatortes Zurzach aufgewachsen. Ihm war die Selbstverantwortung der Gemeinden im Rahmen der staatlichen Gemeinschaft ein wichtiges Anliegen und ebenso die Glaubensfreiheit. Schon 1862 trat er dafür ein, dass das "Staatskirchenrecht auf einen anderen Boden" gestellt werden müsse. "Mit der jetzigen Regiererei sind wir dreissig Jahre nicht einen Schritt weitergekommen." Wenn man aus den konfessionellen Spannungen herauskommen wolle, meinte er vor dem Grossen Rat, dann dürfe die Kirche nicht mit dem Staat verbündet sein, sondern sie müsse im Staat und unter seinem Schutz eine freie Genossenschaft bilden. Im Frühjahr 1863 erklärte er vor dem Grossen Rat: Die religiösen und kirchlichen Unterscheidungen müssen aus unserem Staatswesen verschwinden und das Wort eines italienischen Staatsmannes auch bei uns zur Wahrheit werden: Die freie Kirche im freien Staat. Die freie Kirche als Genossenschaft in dem Staat, der ordnend, schützend und vermittelnd alle menschlichen Lebensbeziehungen in sich begreift." Natürlich sah er im Staat noch immer die oberste Instanz, aber die Kirche sollte doch in eigener Verantwortung ihre Angelegenheiten ordnen können.

(Zu diesem Abschnitt: R. Probst, Der aargauische Protestantismus in der Restaurationszeit, S. 103 ff.)