In ihrer ersten Amtsperiode, die bis 1870 dauerte, hat die Synode in 13 Sitzungen 129 Geschäfte behandelt. Sie trat ein- bis zweimal pro Jahr zusammen. Nur 1870 hat es drei Sitzungen gegeben. Die Präsenz wurde immer mit Namensaufruf festgestellt und die entschuldigten und meist auch die nichtentschuldigten Mitglieder wurden namentlich im Protokoll festgehalten. Von den Synodalen wird erwartet, dass sie vor ihrer Wahl mindestens eine Amtsperiode der Kirchenpflege angehört haben.

Sehr oft beschäftigt sich die Synode mit den Fragen des Konfirmandenunterrichtes. So wünscht z.B. die Erziehungsdirektion, dass der Unterricht erst nach der Schulentlassung der Jugendlichen beginne, um Kollisionen mit der Schule zu vermeiden. Es wird beschlossen, dass alle Kinder evangelischer Eltern verpflichtet sind, den Unterricht zu besuchen. Dieser soll 175 Stunden umfassen. Wenn eine Abteilung mehr als 60 Kinder zählt, ist sie nach Geschlechtern zu trennen. Dabei sollte ein Pfarrer nicht mehr als zwei Abteilungen unterrichten müssen. Später bittet die Erziehungsdirektion bei grossen Abteilungen in weitläufigen Gemeinden die Aufteilung nicht nach Geschlechtern, sondern nach Ortschaften vorzunehmen. In die Verordnung über den Konfirmandenunterricht wird auch eine Bestimmung aufgenommen (Sitzung 18.3.1868), dass die Kirchenpflege Konfirmanden, "die durch unsittliches Verhalten Aergernis geben oder beharrlichen Unfleiss zeigen, auf Anzeige des Pfarrers für ein Jahr zurückstellen kann". Ferner heisst es, dass "Konfirmanden, die sich ganz unempfänglich für religiöse Wahrheiten zeigen", nicht admittiert werden sollen.

Die Fragen der Pfarrerausbildung standen verschiedentlich auf der Traktandenliste der Synode. Der Staat Aargau war schon 1861 dem Konkordat mit der gemeinsamen Prüfungsordnung für die reformierten Pfarrer beigetreten. Die Synode hat diesem Beitritt in ihrer Sitzung vom 30. September 1868 zugestimmt. Die anderen Konkordatskantone waren damals ZH, AI, TG und GL. Die anderen deutschschweizer Kantone ausser BE und GR sind später dazugekommen. Im Zusammenhang mit dem Prüfungskonkordat wird festgehalten, dass nur Schweizer Bürger die Wahlfähigkeit als Pfarrer erlangen können (24.2.1869) In der ersten Amtsperiode wurden u.a. auch Kommissionen eingesetzt: Für die Schaffung einer neuen Prediger-Ordnung und später einer Kirchenordnung. Und für die Revision der Taufliturgie, wobei ausdrücklich festgehalten wurde, dass das Apostolische Glaubensbekenntnis weggelassen werden solle, da es ja nicht von den Aposteln stamme und seine Glaubensaussagen erst in späterer Zeit formuliert worden seien. Eine Kommission sollte auch ein für den Konfirmandenunterricht verbindliches Lehrbuch schaffen.

Sehr bald wurde durch die Arbeit der Synode deutlich, dass noch andere Veränderungen im Verhältnis von Kirche und Staat notwendig wären, damit auch die Kirchgemeinden die Kompetenzen bekämen zu einem selbständigen und verantwortlichen Handeln.