Am 9. Dezember 1883 beschloss das Aargauervolk mit 16‘888 Ja gegen 16'114 Nein einmal mehr, die Kantonsverfassung einer Totalrevision zu unterziehen. Aus den Beratungen eines Verfassungsrates ging eine neue Staatsverfassung hervor, die am 7. Juni 1885 von den Stimmbürgern mit 20'038 Ja gegen 13'766 Nein angenommen worden ist. in dieser Verfassung haben die Gedanken von der "freien Kirche im freien Staat", die Regierungsrat Emil Welti schon 1863 formuliert hatte, ihren Niederschlag gefunden. Damit war die Grundlage vorhanden, um das finanzielle Verhältnis von Kirche und Staat zu entflechten. Nun konnten die Konfessionen ihre Angelegenheiten in eigener Kompetenz unter einer gewissen Aufsicht des Staates regeln. Als erstes stellte sich der Staat selber in § 70 seiner neuen Verfassung die Aufgabe:

"Die noch in Händen des Staates befindlichen Pfründ- und Kirchengüter sind aus dem allgemeinen Staatsgut auszuscheiden, urkundlich sicherzustellen und gesondert zu verwalten."

Als nächsten wichtigen Schritt auf dem Weg zur Verselbständigung der Kirchen erhielten im Jahr 1893 die Kirchgemeinden die öffentlich-rechtliche Anerkennung, damit sie selbständige Verhandlungspartner mit dem Staat sein konnten. Im gleichen Jahr wurde der Synodalausschuss zum Reformierten Kirchenrat. Nach dem die Kirchengüter aus dem allgemeinen Staatsgut ausgeschieden waren, hat der Staat Aargau mit jeder einzelnen Kirchgemeinde einen separaten "Auskaufsvertrag" abgeschlossen. Das dauerte von 1905 bis 1907. Es wurden herausgegeben: Die Kirchen, Pfarrhäuser mit allfälligen Nebengebäuden und Pfrund- und Gartenland. Die Gebäude sollten in gutem Zustand sein. Allfällige nötige Reparaturen hatte der Staat vor der Uebergabe vorzunehmen. Dazu erhielt jede Kirchgemeinde ein Pfarrbesoldungskapital von Fr. 55'000.-. Aus den Zinsen sollte die Barbesoldung des Pfarrers gedeckt werden. Sie betrug damals Fr. 2'200.- im Jahr und wurde in vierteljährlichen Raten ausbezahlt.

Die Verträge mit den einzelnen reformierten, römisch-katholischen und christkatholischen Kirchgemeinden wurden in der gleichen Weise abgefasst. (Vgl. hinten im Anhang den Vertrag der reformierten Kirchgemeinde Baden.) Die 47 reformierten Kirchgemeinden erhielten zusammen den Betrag von 3'494'790 Franken. Die reformierte Landeskirche bekam folgende Beträge: 225'000 Franken als Fonds für die Ausrichtung von Dienstalterszulagen an die Pfarrer; 190'000 Franken für die Einrichtung eines Pensionsfonds; 187'000 Franken als Fonds für die Besoldung von Vikaren und Kantonshelfern. Für die katholischen Kirchgemeinden wurden 2'895'612 und für die Christkatholiken 247'684 Franken aufgewendet. Das ergibt einen Barbetrag von 7‘240‘086 Franken. Der Wert aller übergebenen Gebäude wurde mit 4'357'587 Franken beziffert.

Es sind respektable Summen gewesen, die der Staat am Anfang dieses Jahrhunderts den Kirchen übergeben hat. Sie waren aber keineswegs überrissen. Beim Staat amtete ein sparsamer Finanzminister, und die Kirchenpflegen stellten keine übertriebenen Ansprüche. Rasch zeigte es sich, dass die Zinsen der ausbezahlten Kapitalbeträge nicht ausreichten, um die Auslagen der Kirchgemeinden zu decken. Sehr bald mussten die Kirchgemeinden von ihrem Recht Gebrauch machen, Kirchensteuern zu erheben. Nicht überall wurde es geschätzt, dass die Kirchgemeinden und nicht die Landeskirche über das Steuerrecht verfügten. Der Staat wollte damals bewusst keine beherrschende kirchliche Zentralverwaltung, sondern er suchte die einzelne Kirchgemeinde zu stärken. Dies entspricht durchaus unserem reformierten Denken. Diese Regelung hat sich auch bewährt und ist in die neue Kantonsverfassung von 1982 übernommen worden. Sie gibt der Kirche die Freiheit, in eigener Kompetenz ihre Angelegenheiten zu ordnen und befreit den Staat davon, mit seinen Steuergeldern irgendwelche finanziellen Leistungen für die Kirche zu erbringen.