Dem alten Ruf nach der Schaffung einer reformierten Synode hat das Generalkapitel dadurch Nachachtung verschafft, indem es durch eine Kommission einen Entwurf zu einem "Gesetz über die Organisation der Reformierten Kirche des Kantons Aargau" hat ausarbeiten lassen. Diese Kommission stand unter der Leitung von Samuel Friedrich Siegfried, Fürsprecher und Gemeindeammann in Zofingen.
Am 13. Februar 1866 wurde dieser Gesetzesentwurf dem Grossen Rat vorgelegt, der bereits am 2. März 1866 die Zustimmung zu dem neuen Gesetz gegeben hat. Dieses Gesetz ermöglichte als erstes die Wahl einer Synode, die die oberste Behörde der reformierten Kirche werden sollte. Diese Wahlen wurden durch die zivilen Behörden angesetzt und durchgeführt. Sie fanden am 21. Oktober 1866 statt, nachdem der Regierungsrat am 5. September eine Vollzugs- und am 21. September eine Wahlordnung erlassen hatte. Mit Plakaten, die so gross waren wie die militärischen Aufgebote, wurde alles Nähere bekannt gegeben. Stimm- und wahlberechtigt waren alle reformierten Orts- und Kantonsbürger vom 22. Lebensjahr an, die auch das politische Stimmrecht besassen. 138 Synodale wurden gewählt, 87 Laien und 51 Pfarrer. Damit hatte die reformierte Kirche ein eigenes oberstes Organ, dessen Erlasse allerdings vor ihrer Veröffentlichung und ihrem Vollzug dem Kleinen Rat zur Einsicht vorgelegt werden mussten.

Am 18. Dezember 1866 war es dann so weit: Die reformierte Synode trat zu ihrer ersten Sitzung zusammen. Damit vollzog die reformierte Kirche ihre ersten Schritte auf dem Weg in die Eigenständigkeit. Der erste Satz im Protokoll dieser Sitzung ist bezeichnend:

"In Abwesenheit des Präsidenten des Kirchenrates, Herrn Regierungsrat Schwarz (er weilte als Nationalrat in Bern), eröffnet Herr Regierungsrat Weiersmüller als Abgeordneter des hohen Regierungsrates die Versammlung, indem er eine Zuschrift der hohen Staatsbehörde, in welcher die Synode mit den besten Glückwünschen für ihr gedeihliches Wirken begrüsst wird, durch Herrn Staatsschreiber Ringier verlesen lässt".

Wir merken schon aus diesem Satz, dass die Staatsbehörden die ersten Schritte der Synode begleitet, um nicht zu sagen, überwacht haben. Allerdings waren alle diese Vertreter des Staates, die da in Erscheinung getreten sind, auch verantwortungsbewusste Glieder der reformierten Kirche.

In dieser ersten Sitzung gab es viele Wahlgeschäfte. Als Präsident wurde Herr Samuel Friedrich Siegfried von Zofingen gewählt und als Vizepräsident Herr Regierungsrat Schwarz. Ebenfalls bestellt wurden die 7 Mitglieder des Synodalausschusses, aus dem später dann der Kirchenrat geworden ist. Es brauchte mehrere Wahlgänge, bis diese Mitglieder der neuen Kirchenregierung feststanden. Es waren dies die Herren Oberst Schwarz in Aarau, Dekan Straehl in Reinach, alt Bezirksammann Hünerwadel in Lenzburg, Pfarrer Garonne in Aarau, Herr Gysi-Bolliger in Buchs, Dekan Kienast in Umiken und Pfarrer Imhof von Kirchberg. In Zofingen bedauerte man es, dass man keinen Kandidaten durchgebracht hatte, auch beanstandete man, dass einige der Gewählten über zu viele Aemter verfügten.

Eine fünfköpfige Kommission wurde eingesetzt zur Schaffung eines Geschäftsreglementes für die Synode. Dem Regierungsrat wurde schriftlich Mitteilung gemacht über die Konstituierung der Synode "unter Verdankung seiner anerkennenswerten Mitwirkung bei der neuen Organisation der evangelisch-reformierten Kirche des Kantons" und mit der Bitte "um Anweisung der nötigen Kanzleihilfe bei den Verhandlungen der Synode, des Synodalausschusses, sowie auch des Kapitels". Mit der neuen Organisation war nämlich das frühere Generalkapitel aufgelöst und neu das Pfarrkapitel geschaffen worden, das seinen festen Platz in der Kirchenorganisation erhielt. Ausser den Wahlen gab es in dieser ersten Sitzung auch schon Sachgeschäfte, so Probleme der Revision der Verordnung über den Konfirmandenunterricht. Der Unterricht sollte auf ein Jahr konzentriert werden und alle Kinder, die bis Ende Oktober das 16. Altersjahr zurückgelegt hätten, könnten admittiert werden.

Gewünscht wurde auch ein Organisationsgesetz für die reformierten Kirchgemeinden, damit diese in eigener Kompetenz handlungsfähig würden. Zudem sollten alle gewünschten Verordnungen und Entwürfe mindestens 14 Tage vor dem Zusammentritt der Synode gedruckt den einzelnen Abgeordneten zugestellt sein.