Die reformierten Pfarrer wurden Beamte des Staates. Dem entsprechend hat der Regierungsrat sie in ihr Amt eingesetzt. Die Kirchgemeinden selber hatten zur Pfarrwahl nichts zu sagen. Sie hatten auch sonst keine Möglichkeit und kein Recht, sich an den Entscheidungen zu beteiligen. Für die Pfarrer galt zunächst als Dienstanweisung die bernische Prädikantenordnung von 1748. Im Jahr 1810 hat dann der Grosse Rat eine "Predigerordnung für die reformierte Geistlichkeit des Kantons Aargau» erlassen. Hier war alles geregelt, was die reformierte Kirche und ihre Gemeinden betraf. Der Grosse Rat, der Kleine Rat und notfalls die Bezirksammänner führten die Aufsicht über die Einhaltung der vom Staat erlassenen Vorschriften.

Es gab damals Leute, die die reformierte Kirche des Aargaus gerne der Berner Kirche angeschlossen hätten, doch wurden solche Anschlussgelüste rechtzeitig im Keime erstickt. Es wurde ein elfköpfiger reformierter Kirchenrat durch die staatlichen Behörden gewählt. Dieser Rat war aber nur eine Aufsichts-, Begutachtungs- und Prüfungsinstanz und konnte keine eigenen verbindlichen Beschlüsse fassen, sondern höchstens Anträge an den Kleinen Rat formulieren. In diesem Kleinen Rat sassen aber auch Katholiken - die gelegentlich sogar die Mehrheit hatten, so dass mancher Antrag dort abgelehnt wurde.

Den reformierten Pfarrern passte es gut, dass bereits im Sommer 1803 im ganzen Kanton Sittengerichte eingeführt wurden. Sie entsprachen ganz den bernischen Chorgerichten und wurden in den katholischen Gebieten des Landes als ein Fremdkörper empfunden. Bei den Reformierten erwartete man eine Hebung der Volksmoral und eine Verbesserung der Sonntagsheiligung. Manche hofften, dass nun die allzu vielen Religionsspötter, die Säufer und die Nachtschwärmer in die Schranken gewiesen, ja dass die Zahl der unehelichen Geburten reduziert werden könne. Die Sittengerichte, die von den Gemeindeammännern geleitet wurden (die Pfarrer waren die Protokollführer), sind den an sie gerichteten Erwartungen meist nicht gerecht geworden und haben die Pfarrer bei ihrem Kampf gegen allerlei Missstände oft im Stich gelassen.