Um die kantonalen Aufgaben auszuführen führt der Kirchenrat die Landeskirchlichen Dienste mit Sitz in Aarau. Ihre wichtigste Aufgabe ist es – neben den überregionalen Tätigkeiten –, die Kirchgemeinden und ihre Mitarbeitenden in ihrer Arbeit zu unterstützen.
Die Landeskirchlichen Dienste sind in vier Arbeitsbereiche und die Stabsstellen des Kirchenrates aufgeteilt:
1. Bereich Bildung und Gesellschaft
Dazu gehören die Fachstellen für Diakonie, Erwachsenenbildung, Ökumene, Mission, Entwicklungsfragen (OeME) sowie Frauen, Männer, Gender und die Studienleitung des Tagungshauses Rügel.
2. Bereich Finanzen
Dazu gehören die Finanzverwaltung und die Buchhaltung.
3. Bereich Pädagogik und Animation
Dazu gehören die Fachstellen für Jugendfragen, Kirchlicher Religionsunterricht, Kirchliche Arbeit an kantonalen Schulen, Projektstelle junge Erwachsene, Seelsorge für Menschen mit Behinderungen
4. Bereich kantonale Seelsorge
Dazu gehören in erster Linie die Seelsorge in kantonalen Spitälern mit den Spitalpfarrämtern in Aarau, Baden, in der Klinik Barmelweid und den Psychiatrischen Diensten in Königsfelden sowie in der Klinik Hirslanden in Aarau.
Dazu kommen Seelsorger und Seelsorgerinnen für bestimmte Gruppen: Menschen im Gastgewerbe, in Gefängnissen, Gehörlose.
Die Seelsorge in Pflegeheimen und anderen therapeutischen Einrichtungen wie Rheumakliniken, Suva-Klinik Bellikon wird von Beauftragten ausgeführt.
5. Geschäftsleitung der Landeskirchlichen Dienste
Die Geschäftsleitung setzt sich zusammen aus den Leiterinnen und Leitern der o.g. vier Bereiche unter dem Vorsitz der Kirchenratspräsidentin bzw. des Kirchenratspräsidenten
6. Die Stabsstellen des Kirchenrates
Dazu gehören die Stabsstellen Theologie und Recht, Kommunikation sowie der Kirchenschreiber, welcher das Sekretariat der Landeskirche leitet.
Spezielle Einrichtungen der Landeskirche
- Das TagungsHaus Rügel oberhalb von Seengen, das Bildungshaus der Aargauer Landeskirche mit einer eigenen Studienleitung, die zum Bereich Kirche und Gesellschaft gehört.
- Zwei Heimgärten in Aarau und Brugg, Wohnheime für Frauen mit Behinderungen, die eine Begleitung brauchen