Wie das Organigramm zeigt, besteht die Aargauer Landeskirche aus 75 Kirchgemeinden, die in den sechs Dekanaten Aarau, Baden, Brugg, Kulm, Lenzburg und Zofingen - entsprechend den sechs Bezirken des Kantons Aargau - zusammengefasst sind. Sie umfassen ca. 193 000 Mitglieder.

Die Organe der Landeskirche sind:

• die Synode (Legislative)
• der Kirchenrat mit Sitz in Aarau (Exekutive)
• das Rekursgericht (Judikative)

Die stimmberechtigten Mitglieder (ab 16 Jahre, auch reformierte Ausländerinnen und Ausländer ohne Wartefrist!) wählen an der Urne die Synode, das oberste, gesetzgebende Gremium der Landeskirche, die wiederum den Kirchenrat als ausführendes Organ der Landeskirche wählt. Der Kirchenrat führt alle von der Synode bewilligten finanzierten landeskirchlichen Dienste.