Nach dem Zusammenbruch der alten Eidgenossenschaft, die 1798 aus der Helvetik entstanden war, bildete sich 1803 der Kanton Aargau (zusammengesetzt aus dem ehemaligen Berner Unteraaragau, dem Freiamt, der Grafschaft Baden und dem bis dahin österreichischen Fricktal). Die reformierte Kirche war in diesem neuen Staatsgebilde zunächst ganz dem Staat unterstellt: Der Regierungsrat machte sich selbst zur obersten Kirchenbehörde. Er setzte die Pfarrer in den Gemeinden ein. Sie waren Beamte des Staates und mussten der Regierung gehorchen. Vor 200 Jahren setzte er zunächst eine deliberierende Kommission ein, den ersten «provisorischen Kirchenrat».

Erst 50 Jahre später bekamen die Kirchgemeinden mehr Unabhängigkeit. Ab 1864 konnten sie ihre Pfarrer selber wählen. Zwei Jahre später wählten sie die erste Synode als oberste Behörde der Reformierten Kirche im Aargau. Die Pfarrerschaft des Kantons hatte jahrelang vom Staat eine selbständige und demokratische Führung für die Kirche verlangt. Die Synode schuf den Kirchenrat als ihr ausführendes Organ, sozusagen die Regierung der Landeskirche.