Im Zuge der Diskussionen um das Verhalten der Schweiz gegenüber Flüchtlingen und jüdischen Asylsuchenden in der Zeit des Naziregimes in Deutschland von 1933 bis 1945 gab auch der Kirchenrat eine begrenzte historische Untersuchung über das Verhalten der Reformierten Aargauer Landeskirche und ihres Kirchenrates in jenen Jahren bei der Historikerin Alexandra Binnenkade in Auftrag. Diese Untersuchung beschränkte sich vor allem auf das Archiv der Landeskirche selbst.

Als der Kirchenrat im April 1997 aufgrund dieser ersten Untersuchung mit einer Erklärung an die Öffentlichkeit trat, in der er die jüdischen Mitbürgerinnen und Mitbürgern für das Nichthandeln der Institution in der Zeit der nationalsozialistischen Vernichtungspolitik um Verzeihung bat, löste er damit ein riesiges Echo aus. Der mutige Schritt stiess einerseits auf Zustimmung und aufmerksames Interesse, löste aber auf der anderen Seite einen Sturm der Entrüstung aus. Mehr als fünfzig Jahre nach Kriegsende machte diese Reaktion deutlich, wie viele Emotionen das Thema auch heute noch auszulösen vermag.

Die kritische Auseinandersetzung mit der eigenen Geschichte veranlasste die Synode, eine vertiefte Studie in Auftrag zu geben, die auch die Archive von Kirchgemeinden, Privatpersonen, des Kirchenboten und Interviews mit Zeitzeugen jener Ereignisse einschloss. Die Studie sollte sich nicht nur mit problematischen Aspekten auseinandersetzen sondern auch Umfang und Art des kirchliches Engagements eruieren. Das Ergebnis der Untersuchung liegt in Form des Buches "Sturmzeit - die Evangelisch-Reformierte Landeskirche des Kantons Aargau in den Jahren 1933 bis 1948" vor.