Die Synode ist das Kirchenparlament der Aargauer Landeskirche - die Legislative, analog dem Grossen Rat des Kantons Aargau. Der Kirchenrat entspricht als Exekutive dem Regierungsrat. Das Rekursgericht der Landeskirche stellt die Judikative dar.

Jede Kirchgemeinde wählt für eine Amtszeit von vier Jahren ein bis sieben Mitglieder in die Synode. Die Synodalen werden von den stimmberechtigten Mitgliedern an der Urne gewählt. Die Anzahl der Synodalen richtet sich nach der Grösse der Kirchgemeinde:
- ab 501 Mitglieder: 2 Synodale
- ab 2’501 Mitglieder: 3 Synodale
- ab 4’501 Mitglieder: 4 Synodale
- ab 6’501 Mitglieder: 5 Synodale
- ab 8’501 Mitglieder: 6 Synodale
- über 10’500 Mitglieder: 7 Synodale

Grösse und Zusammensetzung
In der Amtsperiode 2007 - 2010 hat die Synode 188 statt wie bis Ende 2006 201 Sitze. Frauen und Männer sind in der Regel gleich stark vertreten. Nach den Gesamterneuerungswahlen sind im April 2007 von den 188 Sitzen 177 besetzt (87 Männer und 90 Frauen). 38 Synodale sind Pfarrer oder Pfarrerinnen, 6 Synodale sind Diakonische Mitarbeiterinnen oder Mitarbeiter.

Sitzungen
Die Synode kommt mindestens zwei Mal im Jahr zusammen: Im Juni in einer Aargauer Kirchgemeinde (regelmässige Traktanden: Jahresbericht des Kirchenrates und Rechnungsabschluss der Zentralkasse) , im November im Grossratsgebäude in Aarau (regelmässiges Traktandum Budget der Zentralkasse).
Die Synode ist beschlussfähig, wenn mehr als die Hälfte ihrer Mitglieder anwesend
sind. Die Verhandlungen der Synode sind öffentlich - Gäste willkommen.
Die Sitzungen beginnen immer mit einem Gottesdienst.

Zusätzliche Sitzungen können von der Synode selbst beschlossen werden oder wenn mindestens 30 Mitglieder oder der Kirchenrat es verlangen. Meistens sind es Gesprächssynoden, an denen ein Thema diskutiert aber keine verbindlichen Beschlüsse gefasst werden. Die letzten Gesprächssynoden:

• 2005: Was sind uns Werte wert
• 2001: Das Leitbild der Landeskirche
• 1999: Welche Zukunft wollen wir - zur wirtschaftlichen und sozialen Zukunft der Schweiz
• 1997: Homosexualität und Kirche Organisation der Synode
  

Organisation
Die Synode wird vom Synodebüro resp. dem Synodepräsidium einberufen und geleitet. Das Synodebüro besteht aus Präsident/in, Vizepräsident/in und vier Beisitzenden, die Stimmenzählerinnen.

Es gibt zwar keine Verpflichtung, einer "Partei" anzugehören, es haben sich aber dennoch Interessengemeinschaften gebildet, die sogenannten Fraktionen:

• Freies Christentum
• Kirche und Welt
• Verein und Fraktion "Lebendige Kirche"
• Reformatorisch-Evangelische Fraktion