Die Landeskirche ist die Gesamtheit ihrer Kirchgemeinden. (Die Diasporagemeinden Kaiserstuhl-Fisibach, Schneisingen-Siglistorf sind zurzeit noch vereinsrechtlich organisiert. Für sie gilt die von der Synode erlassene Diaspora-Ordnung.) Die Kirchgemeinden sind selbständige Körperschaften des öffentlichen Rechts mit eigener Rechtspersönlichkeit.

Die Aargauer Landeskirche besteht aus 73 Kirchgemeinden und zwei Kirchgenossenschaften (mit unter 500 Mitgliedern). Die Kirchgemeinden haben in der Regel zwischen 800 und 5000 Mitglieder. Sie umfassen insgesamt ca. 190 000 Mitglieder.
Die fünf grössten Gemeinden sind Baden (9 600 Mitglieder), Bremgarten-Mutschellen (8 800), Zofingen 7 500) und Aarau (6 700) und Mellingen (6 000).

Aufgaben der Kirchgemeinden
Die Gemeinden sind für Gottesdienste, Amtshandlungen (Beerdigung, Trauung), Seelsorge, Unterricht (Pädagogisches Handeln), Erwachsenenbildung, Diakonie und Mission auf ihrem Gebiet zuständig und arbeiten an gesamtkirchlichen Aufgaben mit.
Sie verwalten ihr Vermögen und ihre Einkünfte selbständig gemäss den Verwaltungsgrundsätzen der Reformierten Landeskirche.
Sie haben das Recht, für Zwecke der Kirche Steuern zu erheben und unter ihren Angehörigen freiwillige Sammlungen durchzuführen.

Die 75 Gemeinden sind in den sechs Dekanaten Aarau, Baden, Brugg, Kulm, Lenzburg und Zofingen zusammengefasst . Auf regionaler Ebene, innerhalb eines Dekanats oder eines Bezirks, gehen sie bestimmte Aufgaben gemeinsam an: z.B. Familien- und Eheberatung, Seelsorge in regionalen Kranken- und Pflegeheimen.