Der Kirchenrat besteht aus einem vollamtlichen Präsidenten bzw. einer Präsidentin und sechs ehrenamtlichen Mitgliedern, die mehrheitlich Laien (d.h. nicht ordiniert) sind. Jedes stimmberechtigte Mitglied der Aargauer Landeskirche kann Mitglied des Kirchenrats werden.
Der Kirchenrat wird von der Synode für eine Amtszeit von vier Jahren gewählt. Kandidatinnen und Kandidaten für den Kirchenrat werden in der Regel von den Synodefraktionen gesucht.
Mitglieder der Synode, die in den Kirchenrat gewählt werden, scheiden mit dem Amtsantritt aus der Synode aus.