Nach dem Zusammenbruch der alten Eidgenossenschaft 1798 bildete sich 1803 der Kanton Aargau (zusammengesetzt aus dem ehemaligen Berner Unteraargau, dem Freiamt, der Grafschaft Baden und dem bis dahin österreichischen Fricktal). Die reformierte Kirche war in diesem neuen Staatsgebilde zunächst ganz dem Staat unterstellt.
Der Regierungsrat machte sich selbst zur obersten Kirchenbehörde. Er setzte die Pfarrer in den Gemeinden ein. Sie waren Beamte des Staates und mussten der Regierung gehorchen. 1799 setzte der Aargauer Regierungsrat zunächst eine deliberierende Kommission ein, den ersten «provisorischen Kirchenrat».
Seit der Berner Zeit bestanden im sogenannten Unteraargau die beiden Pfarrkapitel von Aarau-Zofingen und Brugg-Lenzburg. 1821 fasste die Regierung die beiden Kapitel zu einem Generalkapitel zusammen, das im Juni 1821 zum ersten Mal im Grossratssaal in Aarau tagte. 40 Jahre später bekamen die Kirchgemeinden und Pfarrer mehr Unabhängigkeit. Ab 1864 konnten sie ihre Pfarrer selber wählen.
Selbstständigkeit als Kirche durch die Verfassung 1865
In der Verfassung des Kantons Aargau vom 23. April 1865 anerkannte der Staat die drei christlichen Religionsgemeinschaften, die Römisch-Katholische, die Reformierte und die Christkatholische Landeskirche als öffentlich-rechtliche Körperschaften, die sich nach demokratischen Grundsätzen als Landeskirchen organisierten. Damit wurde eine klare Entflechtung zwischen Kirche und Staat vorgenommen.
Ein Jahr später, 1866, wählten die Reformierten im Aargau die erste Synode als oberstes Organ der Reformierten Kirche im Aargau. Die Synode wählte 1866 den ersten eigenen und vom Staat unabhängigen Kirchenrat als ihr ausführendes Organ, die Exekutive der Landeskirche.