Staat und Kirche sind im Aargau weitgehend getrennt. Die Landeskirche ist vom Staat bis auf die Anerkennung und die Genehmigung des Organisationsstatuts durch den Grossen Rat völlig unabhängig. Als öffentlich-rechtlich anerkannte Landeskirche finanziert sie sich durch die Kirchensteuer, die sie von allen Mitgliedern erhebt – jedoch nur von natürlichen Personen. Von Unternehmen und anderen juristischen Personen werden keine Kirchensteuern erhoben.
Mit der Verfassung von 1885 strebte der Grosse Rat die finanzielle Trennung von Kirche und Staat an. Die Kirchgemeinden wurden als öffentlich-rechtliche Körperschaften anerkannt und erhielten das Recht, Kirchensteuern zu erheben. Die kantonalkirchliche Institution, die Landeskirche, wurde durch die Abhängigkeit von den Zuwendungen der Kirchgemeinden bewusst schwach gehalten. Der Staat gab den Gemeinden die einst übernommenen Kirchengüter wieder zurück: Kirchen, Pfarrhäuser, dazu etwas Pfrundland und ein Startkapital für die Unabhängigkeit.
Die Landeskirche und ihre Kirchgemeinden regeln heute ihre Angelegenheiten auf der Grundlage des Organisationsstatuts und der Kirchenordnung selbst.
Die Kirchgemeinden handeln in eigener Verantwortung und finanzieren durch die Kirchensteuern ihre Aufgaben und Bedürfnisse. Mit dem Zentralkassenbeitrag finanzieren sie die Aufgaben der Landeskirche auf kantonaler Ebene: Spitalseelsorge, Religionsunterricht, Fachstellen für besondere Aufgaben usw . Die Finanzämter der Gemeinden ziehen im Auftrag der Kirchgemeinden die Kirchensteuer ein und werden dafür angemessen entschädigt.